國際奎師那知覺協會吸引了眾多支持者，但也同時引來了批評[7]。
儘管皈依的門徒誓守四項基本原則：素食、不用麻醉品、不賭博、沒有非法的性行為，並且真誠的門徒努力靈修以期超脫物質束縛而回歸靈性世界，但仍有以下傳聞。
諾麗·穋斯特是國際奎師那知覺協會的前成員，她批評協會在招募過程中行使欺騙手段，又出版了《靈魂的背叛》一書，指控國際奎師那知覺協會內部出現虐待行為，令很多協會成員退出該會[2]:352。
國際奎師那知覺協會要求成員的兒女在五歲起住在協會的寄宿學校，從而令他們的父母可以毫無負擔地為協會提供服務；有住在這些寄宿學校的兒童表示遭到其他協會成員和學校教師的性騷擾或強姦，亦有兒童被毆打、虐待、體罰和威嚇，而且還沒有足夠的食物和及時的醫療服務[2]:14。2000年，92名曾就讀國際奎師那知覺協會寄宿學校的兒童提出集體訴訟，聲稱在寄宿學校內受到性侵犯、身體虐待和精神虐待，協會因而被判令賠償[2]:14。
國際奎師那知覺協會的領袖克依檀阿南達·瑪哈拉傑（英語：Kirtanananda Swami）在1996年捲入詐騙和謀殺訴訟，被指涉嫌參與一宗涉款1,000萬美元的集資騙案[2]:13。與此同時，兩名國際奎師那知覺協會成員遭到謀殺，其中一人打算公開克依檀阿南達的所作所為；疑犯同是該會的信徒，他聲稱是克依檀阿南達煽惑他犯案[2]:13。結果，克依檀阿南達被判囚20年，但在服刑八年後獲釋[2]:13–14。
在俄羅斯，一名十六歲少女參加了國際奎師那知覺協會的活動，後來以自殘來威脅父母給她金錢，讓她上繳給協會的領導人[11]。後來，一些國際奎師那知覺協會成員到訪該名少女的家，聲稱要為少女一家的住宅驅逐邪靈；協會成員離開後，少女的父母發現有財物失竊，但少女又以自殘作為威脅，要求父母不要向警方報案[11]。這名少女其後死去，家屬懷疑她的死與國際奎師那知覺協會有關[11]。